Село Лончаково зарегистрировано в 1859 году по данным истории Амурского казачьего войска, что подтверждает справка государственного архива Хабаровского края № 7-10/22 от 11.03.88 года. Название селу дали в честь первого переселенца Забайкальского казачьего урядника — Лончакова Егора, который со своими товарищами начинали строить село.
Через десять лет по ведомости 1868 года в станице Лончаковской числилось 55 дворов, в которых проживало 149 мужчин и 134 женщины, в хозяйствах было 139 лошадей, 15 быков, 136 голов крупного рогатого скота и 186 десятин возделываемой земли. Излишки продукции за бесценок скупали приезжие купцы. На зиму лончаковцы уезжали на заработки, на заготовку леса. Работали зимой и летом.
В 1924 году в селе образована коммуна, которую в 1931 году преобразовали в колхоз «Пограничник». В 1961 году колхоз вошел в состав совхоза «Лермонтовский» как отделение № 4. В 1987 году на территории села образовалось отдельное хозяйство — совхоз «Лончаковский». В настоящее время на территории с. Лончаково расположены производственные помещения ОАО «Лермонтовское».
Первый фельдшерский пункт был открыт в 1894 году.
Первая начальная школа была построена в 1902 году. В 1953 году построили неполную среднюю школу. В 1998 году начато строительство нового здания школы на 150 человек, которое было сдано в 2001 году.
С 1931 года в селе строится сельский клуб, с 1 февраля 1969 года сельский клуб переименован в сельский дом культуры.
С 1984 года по 1990 год село застраивалось по генеральному плану застройки панельными домами. Образовались новые улицы: Набережная, Уссурийская, Центральная, пер. Садовый, пер. Новый.
В 1959 году на территории села силами комсомольцев был заложен парк памяти героев Гражданской и Отечественной войны, где устанавливается два обелиска. Один на месте перезахоронения героев гражданской войны, второй в честь столетия с. Лончаково.
В 1982 году в парке устанавливается мемориальный камень в честь жителей села, погибших в Великой Отечественной войне.
В 1989 году к обелиску и памятному камню устанавливаются гранитные плиты с именами погибших героев Гражданской и Отечественной войн.
В 2014 году установлен новый обелиск погибшим жителям села в годы Великой Отечественной войны.
В 1968 году на территории заставы военной части 2049 установлен обелиск в честь боев с японскими захватчиками на острове «Фаингов» в июле 1938 года.
В с. Лончаково с 1932 образован Совет депутатов трудящихся, до 1972 года входил в состав Вяземского района. Решением исполнительного комитета Хабаровского края от 25.10.72 г. переименован в Совет народных депутатов и переведен в Бикинский район. В составе Совета было 25 человек.
В 1990 году Совет народных депутатов распущен, исполком Совета народных депутатов преобразован в администрацию села Лончаково.
В декабре 1997 года избрано Собрание депутатов с. Лончаково в количестве 8 человек.
В декабре 2001 избран новый состав Собрания депутатов села Лончаково в количестве 5 человек.
В сентябре 2002 года в связи с принятием Устава муниципального образования с. Лончаково в новой редакции, официальное наименование представительного органа местного самоуправления — Собрание депутатов муниципального образования село Лончаково
Бикинского района Хабаровского. В сентябре 2004 года в связи с принятием Устава сельского поселения в новой редакции муниципальное образование с.Лончаково переименовано в сельское поселение «Село Лончаково» Бикинского муниципального района. В апреле 2005 года избран Совет депутатов сельского поселения в составе 7 человек.
Население — 571 человек.
На территории поселения в настоящее время функционируют следующие учреждения и службы:
- МБОУ СОШ сельского поселения «Село Лончаково» Бикинского муниципального района Хабаровского края;
- МБДОУ детский сад № 9 сельского поселения «Село Лончаково» Бикинского муниципального района Хабаровского края;
- МКУК «КДИЦ" сельского поселения „Село Лончаково» Бикинского муниципального района Хабаровского края;
- ФАП сельского поселения «Село Лончаково»,
- Отделение почты России;
- Отделение с.Лончаково службы г. Бикина ФСБ по Хабаровскому краю и ЕАО.